Cómo aplicar los pagos recibidos y hacer el complemento

Desde la implementación de la versión 3.3 de los Comprobantes Fiscales Digitales y, posteriormente, del Complemento para Recepción de Pagos hemos tenido que adoptar diversos cambios en la forma de documentar y amparar las transacciones. ¿Cuál es el orden que debe seguirse para aplicar los pagos que se realicen y/o reciban?